William er en melankolsk biolog og frøhandler i England i 1852. Han setter seg fore å bygge en helt ny type bikube som skal gi både ham selv og hans barn ære og berømmelse. George er birøkter i USA i 2007 og kjemper i motbakke, men han håper sønnen kan bli gårdens redning. Tao arbeider med håndpollinering i et fremtidig Kina hvor biene har forsvunnet. Hun ønsker mer enn noe annet at sønnen skal få en utdannelse og et bedre liv enn henne selv.

"Bienes historie" skildrer menneskenes første spede forsøk på å holde bier, via dagens industrielle landbruk og til en fremtid hvor biene er døde. I bunnen ligger tre sterke historier om relasjoner mellom foreldre og barn, og om menneskenes sårbarhet.