En jødisk ungdom blir brutalt kjørt ned og kvestet for livet. Samme natt settes det fyr på boligen til en fremtredende, men kontroversiell norsk politiker. Tobarnsmoren omkommer i flammene. Dette er bare opptakten til en bølge av voldelige anslag mot den norske befolkningen. Ugjerningene er filmet, og legges ut på nettet etterfulgt av teksten: «Øye for øye». Politiets avdelinger jobber intenst mot ytterliggående grupperinger, men famler i blinde mens aksjonene utarter. Spaneren Axel Th. Munthe blir tidlig involvert i saken. Hans privatliv blir imidlertid snudd på hodet når hans tidligere samboer Alis dukker opp. Når terroristen så retter trusselen mot det mest symboltunge av alt som er norsk, må Axel utkjempe sitt livs kamp både mot seg selv og klokka som tikker ned mot skjebnetimen. Operasjon Hydra er tredje, frittstående bok om politispaneren Axel Th. Munthe og hans makker Tobben.