Serien begynner med øyenes fødsel, og søkelyset blir satt på hva som gjør disse øyene unike. De ble dannet av vulkaner og plassert i hjertet av planeten. Galápagos ligger 1000 kilometer utenfor Sør-Amerika, og øyene har sentrum i flere forskjellige havstrømmer. Dette gir en enestående blanding av dyreliv og planter, som er i stadig forandring. Charles Darwin besøkte Galápagosøyene i september 1835, og hans opplevelser og studier av de unike omgivelsene forandret oppfatningen av livet på jorda. I en dramatisk rekonstruksjon utforsker dokumentaren Galápagosøyenes skjulte sider.