Det er 1964 og i Bronx prøver den karismatiske presten Father Flynn å endre skolens strenge regime som lenge har vært forsvart med nebb og klør av søster Aloysius Beauvier, skolens jernhånd og rektor som setter sin lit til disiplin gjennom frykt. Politikkens vinder er i ferd med å snu i samfunnet og skolen har sågar tatt inn sin første fargede student, Donald Miller. Men når en søster deler sine skyldbetyngede mistanker om at Father Flynn retter for mye personlig oppmerksomhet mot Donald, setter søster Aloysius i gang et personlig korstog for å avdekke sannheten og få fjernet Flynn fra skolen. Uten noen form for beviser går søster Aloysius inn i en kamp med Father Flynn som truer med å ødelegge hele samfunnet.