Kaptein Corellis mandolin er en stor, rik krigsroman, antikrigsroman og kjærlighetsroman som rommer både tragedie og komedie - av og til farse og av og til stor patos.
Handlingen utspilles på den vakre, greske øya Kefallinia fra starten av den andre verdenskrig. Ungjenta Pelagia - datter av den selvlærte legen og historiekrønikeren Iannis - har nettopp forlovet seg med fiskeren Mandras. Men da den italienske invasjonen kommer, slutter han seg til de kommunistiske partisanstyrkene, og dr. Iannis blir pålagt å innkvartere den banjospillende kaptein Corelli fra invasjonsstyrkene. For Pelagia, som for alle andre på øya, blir det snart klart at krigen fører mange forandringer med seg.