Innsatsen er høyere enn noensinne i sesong tre når mer ambisiøse og forstyrrede superskurker introduseres, samtidig som en omgruppering av allianser endrer kampen for makt i Gotham. Sesong tre av Gotham avslører den beryktede kriminelle organisasjonen, Court of The Owls. Med de som rømte fra Indian Hill på frifot, må Jim Gordon ta saken i egne hender som dusørjeger i Gotham. Han gjør det til sitt første oppdrag å finne Hugo Strange og Fish Mooney. I mellomtiden forblir GCPDs Bullock og Barnes i fremste linje i kampen mot kriminalitet i den monsterbefengte byen. Og Bruce Wayne oppdager enda flere hemmeligheter bak mordet på foreldrene hans. Idet byen synker dypere ned i kaos, vil Gothams superskurker få følge av den fremtidige Poison Ivy, en ung kvinne som har lært seg å bruke alle kreftene sine, Tweed-brødrene og en talentfull hypnotisør som er farlig nær ved å bli gal, og som går under navnet Mad Hatter.
. - Aldersgrense 15 år