I september 1972 søkte biskop Fridtjov Birkeli avskjed fra sin stilling som biskop i Oslo. Søknaden var begrunnet med alvorlig sykdom. Bak den tilsynelatende udramatiske avskjeden foregikk det en kamp med utpressing og løgner, intriger og lidenskaplig erotikk.

Først nå blir historien fortalte i sin fulle bredde. Biskop Birkeli ble presset ut av bispestolen fordi han hadde en elskerinne. Dette er en kjærlighetshistorie og en beretning om svik. Den livlige teologistudenten Fridtjov hadde fått seg kjæreste, den vakre Astri Toft. De forlovet seg, og Birkeli startet sine forberedelser som misjonær. Sammen skulle de dra til misjonsmarken på Madagaskar. Astris mor sa nei. Hun ville ikke la sin datter dø i Afrika, og Birkeli ble satt på sitt livs prøvelse kallet eller kjærligheten? Han valgte kallet, og dro alene. Det går tretti år, begge blir gift på hver sin kant. Men så møtes de, og kan ikke unnvære hverandre. De møtes i hemmelighet, i USA, Storbritannia og Oslo. Astri er stolt over endelig å ha kapret biskopen, og hun forteller om deres hete møter. Så griper en halvbror inn, og skriver brev til de øvrige biskoper om hva Birkeli driver med. I løpet av et par dramatiske dager er Birkeli ute av sitt embete.

Biskopens hemmelighet er den fengslende historien om den store misjonsstrategen Fridtjov Birkeli - oppvokst på et barnehjem, misjonær på Madagaskar, biskop i Stavanger og senere i Oslo.